De fleste immunreaksjoner begynner med at et antigen (agens ved infeksjon, kroppens egne proteiner ved autoimmun sykdom) bearbeides av høyt spesialiserte celler i form av antigen-presenterende celler (APC). Antigenet presenteres deretter for T-celler (figuren ovenfor). Først da kan T-cellene reagere på antigenet. De viktigste antigen-presenterende cellene er dendrittiske celler og makrofager. Under spesielle betingelser kan også B-celler opptre som antigen-presenterende celler (snl.no). En forutsetning for immunreaksjonen er nedsatt evne til å tolerere egne proteiner/vev (nedsatt selv-toleranse).